R3.0.0 is relased

R3.0.0 is relased

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  R.3.0.0 is released!! 2013年4月20日 第30回Tokyo.R @sfchaos
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  2 というわけで， 2013年4月3日
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  3 R-3.0.0 リリース！ The R Projectfor Statistical Computing
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  4 いろめき立つ R界隈 R-statistics blog SOURCEFORGE.JP Magazine
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  5 何が変わったか？
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  6 @kohskeさんのページに まとまっている R.3.0.0の大事な変更点
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  7 大きな変更点 Long Vectorの導入
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  8 Long Vectorとは 長いベクトルのこと
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  9 > x <-rep(0, 2^31-1) > x <- rep(0, 2^31) エラー： サイズ 8.0 Gb のベクトルを割り当てることができません 追加情報: 警告メッセージ： 1: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size) 2: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size) 3: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size) 4: Reached total allocation of 16375Mb: see help(memory.size) R-2.15.3までは 1ベクトルのサイズは 231 -1まで(32ビット) ※ベクトルだけでなく，配列や行列などのオブジェクトにも同じ制約あり
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  10 これがもっともっと 長くなった ※ただし，いろいろと微妙らしい 前出の@kohskeさんのページ参照 出典：　Wikipedia 太陽系
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  11 その比なんと 221 (≒106.3 ) /* both config.hand Rconfig.h set SIZEOF_SIZE_T, but Rconfig.h is skipped if config.h has already been included. */ #ifndef R_CONFIG_H # include <Rconfig.h> #endif #if ( SIZEOF_SIZE_T > 4 ) # define LONG_VECTOR_SUPPORT #endif #ifdef LONG_VECTOR_SUPPORT typedef ptrdiff_t R_xlen_t; typedef struct { R_xlen_t lv_length, lv_truelength; } R_long_vec_hdr_t; # define R_XLEN_T_MAX 4503599627370496 # define R_SHORT_LEN_MAX 2147483647 # define R_LONG_VEC_TOKEN -1 252 231 -1
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  12 まさにマシマシ
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  13 コードも簡潔にchar *R_alloc(size_t nelem,int eltsize) { R_size_t size = nelem * eltsize; double dsize = (double)nelem * eltsize; if (dsize > 0) { /* precaution against integer overflow on 32-bit*/ SEXP s; #if SIZEOF_SIZE_T > 4 /* In this case by allocating larger units we can get up to size(Rcomplex) * (2^31 - 1) bytes, approx 16Gb */ if(dsize < R_LEN_T_MAX) s = allocVector(RAWSXP, size + 1); else if(dsize < sizeof(double) * (R_LEN_T_MAX - 1)) s = allocVector(REALSXP, (int) (0.99+dsize/sizeof(double))); else if(dsize < sizeof(Rcomplex) * (R_LEN_T_MAX - 1)) s = allocVector(CPLXSXP, (int) (0.99+dsize/sizeof(Rcomplex))); else { error(_("cannot allocate memory block of size %0.1f Gb"), dsize/1024.0/1024.0/1024.0); s = R_NilValue; /* -Wall */ } #else if(dsize > R_LEN_T_MAX) /* must be in the Gb range */ error(_("cannot allocate memory block of size %0.1f Gb"), dsize/1024.0/1024.0/1024.0); s = allocVector(RAWSXP, size + 1); #endif ATTRIB(s) = R_VStack; R_VStack = s; return (char *) DATAPTR(s); } else return NULL; } char *R_alloc(size_t nelem, int eltsize) { R_size_t size = nelem * eltsize; /* doubles are a precaution against integer overflow on 32-bit */ double dsize = (double) nelem * eltsize; if (dsize > 0) { SEXP s; #ifdef LONG_VECTOR_SUPPORT /* 64-bit platform: previous version used REALSXPs */ if(dsize > R_XLEN_T_MAX) /* currently 4096 TB */ error(_("cannot allocate memory block of size %0.f Tb"), dsize/pow(1024.0, 4.0)); s = allocVector(RAWSXP, size + 1); #else if(dsize > R_LEN_T_MAX) /* must be in the Gb range */ error(_("cannot allocate memory block of size %0.1f Gb"), dsize/pow(1024.0, 3.0)); s = allocVector(RAWSXP, size + 1); #endif ATTRIB(s) = R_VStack; R_VStack = s; return (char *) DATAPTR(s); } /* One programmer has relied on this, but it is undocumented! */ else return NULL; } src/main/memory.c (R.version.tar.gzを解凍)
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  14 あと，R.3.0.0では パッケージを 入れ直す必要が あることに注意
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  15 以上！ 詳しくはこのあとの @wdkzさんのLTで
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  16 SEXP attribute_hidden do_Rprofmem(SEXPcall, SEXP op, SEXP args, SEXP rho) { SEXP filename; R_size_t threshold; int append_mode; checkArity(op, args); if (!isString(CAR(args)) || (LENGTH(CAR(args))) != 1) error(_("invalid '%s' argument"), "filename"); append_mode = asLogical(CADR(args)); filename = STRING_ELT(CAR(args), 0); threshold = REAL(CADDR(args))[0]; if (strlen(CHAR(filename))) R_InitMemReporting(filename, append_mode, threshold); else R_EndMemReporting(); return R_NilValue; } #include "RBufferUtils.h" attribute_hidden void *R_AllocStringBuffer(size_t blen, R_StringBuffer *buf) { size_t blen1, bsize = buf->defaultSize; /* for backwards compatibility, probably no longer needed */ if(blen == (size_t)-1) { warning("R_AllocStringBuffer(-1) used: please report"); R_FreeStringBufferL(buf); return NULL; } if(blen * sizeof(char) < buf->bufsize) return buf->data; if(blen * sizeof(char) < buf->bufsize) return buf->data; blen1 = blen = (blen + 1) * sizeof(char); blen = (blen / bsize) * bsize; if(blen < blen1) blen += bsize; if(buf->data == NULL) { buf->data = (char *) malloc(blen); ところで ソースコードが 読みにくくないか？
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  17 読みやすいコード発見namespace CXXR { classString; template <typename, SEXPTYPE, typename Initializer = RObject::DoNothing> class FixedVector; typedef FixedVector<int, INTSXP> IntVector; typedef FixedVector<RHandle<>, VECSXP> ListVector; typedef FixedVector<RHandle<String>, STRSXP> StringVector; /** @brief Untemplated base class for R vectors. */ class VectorBase : public RObject { public: /** * @param stype The required ::SEXPTYPE. * @param sz The required number of elements in the vector. */ VectorBase(SEXPTYPE stype, std::size_t sz) : RObject(stype), m_truelength(sz), m_size(sz) {} /** @brief Copy constructor. * * @param pattern VectorBase to be copied. */ VectorBase(const VectorBase& pattern) : RObject(pattern), m_truelength(pattern.m_truelength), m_size(pattern.m_size) {} クラスを用いて オブジェクト指向で記 述
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  18 ドキュメントもある
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  19 その名はCXXR CXXR: Refactorising Rinto C++
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  20 #include <iostream> #include <fstream> #include<boost/noncopyable.hpp> class BigDataFrame : boost::noncopyable { public: enum DataType {CHAR=1, SHORT=2, INT=3, DOUBLE=4, COMPLEX=5}; public: BigDataFrame(index_type nrow, index_type ncol) : nrow_(nrow), ncol_(ncol) { // initializing shared pointer p = std::shared_ptr<Monitor>(new Monitor[ncol], std::default_delete<Monitor[]>()); Rの中身を C++で書き直す プロジェクト
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  21 useR!2009,2010等で 発表されている Provenance Tracking inCXXR　 (useR!2009) CXXR and Add-on Packages (useR!2010)
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  22 おわコンかと思いきや 最近の論文も CXXR: an extensibleR interpreter
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  23 調査して いつかどこかで 紹介する(かも)