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JH
Uploaded byJoohyun Han
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201017 한주현 생물정보학 github 강의

실무에서 사용하는 github 강의

Education◦
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BI 코딩 실무 II - 실무에서 사용하는 github 한주현 10/17/2020 kenneth.jh.han@snu.ac.kr
강사소개 강사 소개 이름 한주현 소속 3billion, Bioinformatics Engineer Seoul National University, Medical Informatics 메일 kenneth.jh.han@snu.ac.kr 주요 업무 Human Genome Analysis (WGS, WES) Rare Disease Analysis Bioinformatics Algorithms Analysis Pipeline / Platform Development Full Stack Development Cloud Computing 주 언어 Python, JAVA, JavaScript, Bash shell 저서 니콜라스 볼커 이야기 (2016.10, 금창원 외 공역) 바이오파이썬으로 시작하는 생물정보학 (2019.03, 한주현) 생명정보학 알고리즘 (2019.10, 한주현, 김태윤 공역) 웹 페이지 https://korbillgates.tistory.com (블로그)
금주 강의 내용
과제 • github 에 homework_1 라고 하는 repository 를 생성한다. • projec를 생성 후 과제를 issue로 등록한다. • issue에 과제 수행한 내용을 정리한다. • 다음 파일을 다운로드 받아서 염기서열을 세는 파이썬 스크립트를 작성한다. • https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/Bioinformatics_Programming_101/master/059.fasta • Issue에 정리한 내용을 바탕으로 간단하게 발표.
Github • Git 리눅스를 만든 리누스 토발즈가 만든 버전 관리 시스템 (Version Control System) • Github 로컬에서 관리하는 Git을 클라우드 저장소에서 관리해주는 버전 관리 시스템 공개용 repository와 private repository를 사용할 수 있다 2018년 MS 가 7,500,000,000 달러에 인수하였다 리누스 토발즈 (1969.12.28 - )
git, github 개념 git 로컬 저장소의 버전관리 시스템 github 클라우드 저장소의 버전관리 시스템 git add 파일을 등록 git commit 파일을 저장소에 등록 git push 파일을 클라우드 저장소에 등록
시작하기 전에 • git version 체크 • 리눅스 • 윈도우
github 가입하기 1) github 페이지에 접속합니다. https://github.com 2) 회원가입을 합니다. 3) 로그인을 합니다. 4) New 버튼을 누릅니다.
repository 만들기 5) 새로운 repository를 만듭니다. Repository name은 test_repository로 해봅시다. Public, Private을 고를 수 있습니다. Public 으로 해봅시다. Initialize this repository with a README를 체크를 빼줍니다. Create repository 버튼을 누릅니다.
repository 만들기 6) repository 가 만들어졌습니다. 오른쪽 그림에서 지시하는 것 처럼 실행해봅시다. 실행하다 보면 아래와 같이 나오는데, 그러면 git config --global 로 환경설정을 해줍니다.
repository 만들기 7) git config 설정 git config --global user.email “[여러분이 가입한 메일]” git config --global user.name “[가입할 때 등록한 이름]” 이제 다시 commit 부분부터 진행합니다.
repository 만들기 8) 오른쪽 그림과 같이 정상적으로 생성되었는지 확인해봅니다.
hello.py 작성 repository 디렉터리 안에 src 라는 디렉터리를 만들어 그 안에서, hello world를 출력하는 파이썬 스크립트 hello.py 를 작성해봅시다. # hello.py print(“hello world”)
git status, add, commit, push • git status 는 repository 내부에서 변동된 사항을 보여주는 명령어 입니다. • git add 는 파일을 repository에 추가할 파일을 등록하는 명령어 입니다. git add [파일 이름] 을 하여 추가합니다.
git status, add, commit, push • git commit -m “메시지” 를 사용하여 로컬 저장소(git)에 파일을 추가합니다. • git push origin main 을 하여 원격 저장소(github)의 main branch에 파일을 추가합니다.
git status, add, commit, push • 다음과 같이 원격 저장소에 잘 추가된 것을 확인할 수 있습니다.
Project 추가하기 • Project 탭을 클릭 • Create a project 를 클릭 • Project board name을 my_project 라고 쓰고 Create project 클릭 • Add a column 을 클릭 • To Do 라고 쓰고 Create column 을 클릭 • Add column 을 클릭 • In Progress 라고 쓰고 Create column 을 클릭 • 같은 방식으로 Done 을 만듬
Project 추가하기 • 완성된 모습 • 여기에 Issue를 등록하여 card를 넣을 수 있습니다.
Issue 등록하기 • Issue 탭 클릭 • New Issue 클릭 • 오른쪽과 같이 쓴다 • Assignees 는 자신을 등록한다. • Projects 는 my_project를 지정한다. • Submit new issue를 클릭.
Issue 등록하기 • 다음과 같이 이슈가 완성됨. • 다시 Project에 들어가서, 등록된 issue를 끌어서 To Do에 넣는다.
git branch 생성 • git checkout -b “[branch 이름]” 로 branch 를 생성한다. branch 로 잘 이동되었는지 확인한다. • 다음과 같이 hello.py 를 수정하고 git status 로 확인해본다.
git branch 에서 작업하기
github pull request • Pull requests 탭에 들어감 • New pull request 를 클릭 • 생성했던 branch 를 클릭 • 바뀐 내용을 확인 • 삭제된 내용은 빨간색으로 표기됨 • 추가된 내용은 초록색으로 표기됨 • Create pull request 를 클릭
github pull request pull request 에 대한 내용을 씀 Assignees 를 자신으로 지정 Projects 를 지정 Create pull requests 를 클릭 Merge pull request 를 클릭 Confirm merge 를 클릭 Delete branch 를 클릭
git pull • git checkout main 을 타이핑 하여 main branch 로 돌아감 로컬 저장소의 main branch 에 있는 hello.py는 원격 저장소의 hello.py 보다 버전이 느림 • 원격 저장소의 파일을 받아와야 함 • git pull origin main 으로 원격 저장소의 파일을 받아 옴
작업 정리 • Insights 탭에 Network 를 클릭하면 branch 의 관계를 확인할 수 있음 • Projects 에 들어가서 issue를 Done으로 넘김 • Issues 에 들어가서 진행했던 issue를 close 해줌
과제 • github 에 homework_1 라고 하는 repository 를 생성한다. • projec를 생성 후 과제를 issue로 등록한다. • issue에 과제 수행한 내용을 정리한다. • 다음 파일을 다운로드 받아서 염기서열을 세는 파이썬 스크립트를 작성한다. • https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/Bioinformatics_Programming_101/master/059.fasta • Issue에 정리한 내용을 바탕으로 간단하게 발표.